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2014-09-03
Actualité médicale

Tags: AGN -  génomique - 
modENCODE, des données génomiques à foison... - Actualité médicale
modENCODE, des données génomiques à foison...

Après avoir exploré le génome des principaux organismes modèles, le projet international modENCODE livre, dans la dernière édition de la revue Nature, ses derniers résultats.

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Pendant du consortium international ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements), qui catalogue depuis 2004 les données relatives au génome humain, modENCODE s’attache à étudier les génomes de la mouche Drosophila megalonaster et du ver Cænorhabditis elegans, afin de récolter le plus possible d’informations sur ces organismes modèles essentiels à la recherche fondamentale et à l’étude des mécanismes du vivant. Initié en 2007, il a achevé sa période de financement en 2012 et délivre cette année les derniers articles de recherche qui lui sont directement affiliés. La revue Nature vient d’en publier cinq qui poussent l’étude au-delà des gènes et s’attaquent à leur régulation à travers les facteurs de transcription, l’épigénétique ou la conformation de la chromatine.
Le premier article propose une analyse étendue du transcriptome de D. megalonaster, qui s’appuie sur de 29 tissus cellulaires de la mouche, 24 lignées cellulaires et les transcrits de 21 organismes totaux soumis à des perturbations environnementales (1). Cela représente in fine plus de 300 000 transcriptions de 17 564 gènes dont 14 692 codent des protéines. Les chercheurs ont ainsi identifié 57 gènes exprimés uniquement lors des perturbations environnementales, suggérant qu’ils échappent le plus souvent aux analyses menées en conditions habituelles du travail en laboratoire.
Un second article poursuit l’analyse et compare les transcriptomes de D. megalonaster, de C. elegans et humains issus d’ENCODE (2). Cette démarche met en évidence des modules de co-expressions – des réseaux génétiques qui contrôlent l’expression groupée de plusieurs gènes – communs aux trois organismes, ce qui pourrait signaler des mécanismes très anciens et fondamentaux pour les métazoaires.
En parallèle, d’autres chercheurs se sont intéressés aux éléments de régulation. Un troisième article présente les profils de liaison, sur le génome entier, de 92 protéines régulatrices – facteurs de transcription, ARN polymérases, facteurs associés à la chromatine... – chez C. ...

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Article écrit le 2014-09-03 par Agnès Vernet pour Bio
Source: - (1)
Brown JB et al. (2014) Nature 512, 393-99. - (2) Gerstein MB et al. (2014) Nature 512, 445-8. - (3) Araya C et al. (2014) Nature 512, 400-5. - (4) Boyle AP et al. (2014) Nature 512, 453-6. - (5) Ho JWK et al. (2014) Nature 512, 449-52. Accéder à la source

Mots clés: AGN génomique


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