Il n’est pas toujours évident pour un professionnel de santé de déterminer les germes à l’origine d’un trouble digestif ou présents dans l’organisme, en se basant sur le ressenti du patient ou sur une simple auscultation. Le recours à des techniques plus poussées, dont la coproculture, est parfois nécessaire. Retrouvez ici, les détails à propos de cette pratique médicale.

Définition de la coproculture

On peut définir la coproculture comme un examen médical, dont la réalisation permet la recherche et l’identification des agents pathogènes se trouvant dans les selles, mais aussi la mise en évidence d’une « rupture d’équilibre ». Il s’agit d’une analyse bactériologique qui consiste à isoler les germes pathogènes à l’origine d’une  diarrhée infectieuse, après avoir cultivé des matières fécales sur des milieux sélectifs. Le plus souvent, les bactéries pathogènes isolées sont entre autres :

• Le vibrion cholérique ;
• Les Salmonella ;
• Les Shigella ; 
• L’Escherichia coli entéropathogène ;
• Les Yersinias ;
• Les Pseudomonas aeruginosa.

La présence de ces germes dans les selles peut être en relation avec un traitement antibiotique, une épidémie, une infection alimentaire, un défaut d’hygiène ou un trouble biliaire.

Indications de la coproculture

Il n’est pas fréquent qu’un médecin prescrive une analyse bactériologique des selles en cas de gastroentérite, puisque cette dernière est le plus souvent d’origine virale. En revanche, la coproculture est indispensable lorsqu’une diarrhée aiguë d’origine bactérienne (se manifestant chez un adulte ou un enfant) est soupçonnée. La présence de douleurs abdominales, d’une fièvre sévère, de selles (noires, sanglantes, glaireuses) ou encore le retour du patient d’un voyage dans une région tropicale sont autant d’éléments qui légitiment la réalisation de cet examen.

Par ailleurs, bien que la coproculture ne permette pas l’établissement du diagnostic du cancer colorectal, sa réalisation est néanmoins essentielle. Elle permet de prouver l’absence ou la présence de sang dans les selles (l’un des symptômes primaires de ce type de cancer).

La réalisation de cet examen est aussi indiquée en cas d’intoxication alimentaire ou d’identification de bactéries résistantes aux antibiotiques (chez des patients porteurs, même en absence de symptômes digestifs). Dans certains contextes professionnels, la coproculture peut être effectuée en vue de détecter des bactéries entéropathogènes, chez des porteurs sains. Par exemple, chez le personnel de restauration, la réalisation de cet examen est indispensable pour rechercher la présence de bactéries pathogènes.

Déroulement de la coproculture

Le déroulement de la coprocuulture se présente comme suit :

• La réalisation de cet examen microbiologique des selles repose sur plusieurs étapes, à savoir :
• Le prélèvement des selles ;
• L’analyse biochimique et microbiologique des selles.

Enfin, il faut évoquer l’incubation des selles dans différents milieux de culture, afin de faire ressortir les germes pathogènes et l’interprétation des résultats.

Prélèvement des selles

Le prélèvement des selles représente l’étape primaire de la réalisation d’une coproculture. Dans le but de garantir la fiabilité des analyses ultérieures, il doit être pratiqué dans des conditions précises, tout en tenant compte du contexte clinique et du type de patient.

Chez les patients adultes, n’ayant aucun problème de continence, le prélèvement des selles doit précéder l’initiation d’un traitement antibiotique ou de toute autre forme de prise en charge nécessitant l’usage de substances laxatives, de charbon, de suppositoires ou de baryte.

Généralement fourni par le laboratoire d’analyses médicales, le récipient choisi pour recueillir l’échantillon de selles doit être stérile ou propre. Il est souvent accompagné de gants médicaux. À l’aide d’une spatule, le patient prélève un échantillon de selles, puis le pose dans le récipient. Une fois le prélèvement effectué, le patient doit veiller à ce que certaines informations, notamment la date de prélèvement, l’heure de prélèvement, puis ses noms et prénoms, figurent sur la fiche de renseignement clinique jointe au récipient.

Par ailleurs, les patients qui présentent des problèmes de continence doivent préalablement recueillir les selles dans une protection jetable avant de les introduire dans le récipient ou le pot de coprologie. Si le transfert s’avère impossible, la protection jetable doit être hermétiquement fermée, puis envoyée directement au laboratoire.

Les patients porteurs d’une stomie doivent recueillir les matières fécales dans la poche de cette dernière, avant de les transférer dans le pot de prélèvement. Toutefois, ils devront préciser sur la fiche de renseignement accompagnant le pot, l’existence d’une stomie.

Chez les nourrissons et les jeunes enfants, le prélèvement est effectué au niveau de leur couche, laquelle est directement acheminée au laboratoire, dans un sac plastique. La réalisation d’un écouvillonnage rectal est parfois envisageable.

Peu importe le contexte clinique ou le type de patient, le dépôt du prélèvement au laboratoire d’analyses doit avoir lieu dans les 3 à 4 heures qui suivent la défécation. Si ce délai ne peut pas être respecté, il serait préférable de le conserver à une température de 4 degrés Celsius, en attendant son transport, qui doit préférentiellement avoir lieu avant la fin des 24 heures.

Analyse des selles

Différents types d’examens sont effectués après le dépôt du prélèvement au laboratoire d’analyses. En effet, à l’aide d’un examen macroscopique, le médecin analyse la couleur des selles et leur consistance (moulées, moles, liquides). Il recherche également la présence de pus, de glaires ou de sang.

Par la suite, un examen microscopique d’orientation est effectué. Lors de ce dernier, le médecin introduit une partie de la matière fécale dans du sérum physiologique, dans l’optique de l’observer au microscope. Ainsi, des levures, des bactéries mobiles, des leucocytes ou encore des hématies peuvent être repérés dans la partie de celle soumise à l’observation microscopique. Une coloration de Gram peut être aussi effectuée pour apprécier l’état de la flore intestinale et déceler les bactéries à morphologie particulière.

Ensemencement des selles dans divers milieux de culture

Cette étape se caractérise principalement par la culture des matières fécales sur des milieux spécifiques. Cela favorise l’isolement puis l’identification du germe pathogène à l’origine de l’atteinte digestive. Parfois, il est essentiel de faire recours à certaines techniques pour enrichir les matières fécales en agents pathogènes, avant de les mettre en culture. La détermination des milieux de culture se fait en fonction du germe recherché.

Pour analyser la sensibilité aux antibiotiques des bactéries mises en évidence, le médecin effectue systématiquement un antibiogramme. Cela l’oriente également sur l’option thérapeutique à envisager.

Interprétation des résultats

Lorsque la flore saprophyte ne contient que des germes non pathogènes (avec 30 à 50% des bactéries de Gram positif et 50 à 70% des bactéries de Gram négatif), alors les résultats sont jugés normaux. De plus, l’absence des leucocytes ou des hématies est à prendre en compte.

Précautions à prendre en cas de coproculture

Pour assurer la réussite de la coproculture, le respect d’un certain nombre de précautions s’impose.  En effet, lorsque le prélèvement des selles doit avoir lieu à la maison, l’usage de papier toilette pour recueillir l’échantillon de selles est déconseillé. Le papier toilette renferme des produits chimiques qui peuvent fausser les résultats du test, lorsqu’ils entrent en contact avec les matières fécales. Aussi, il faut s’assurer que l’eau des toilettes ne pénètre pas dans l’échantillon.

Le pot de coprologie ou le récipient stérile doit contenir au maximum un tiers de matières fécales. Enfin, 48 heures avant la réalisation de la coproculture, il est recommandé de n’absorber ni fruits ni légumes.