Chez tous les virus, il est très courant d’assister à des mutations. Le coronavirus SARS-CoV-2 responsable de la pandémie déclenchée en 2020 n’y échappe pas. Depuis l’automne 2020, les scientifiques ont décelé plusieurs variants qui n’ont rien de rassurant. Néanmoins, il faut noter que toutes ces mutations ne sont pas d’un grand intérêt, car il y en a des milliers. La majorité est bénigne, mais d’autres donnent à réfléchir. De quoi s’agit-il ?

Comprendre le variant

Avant de rentrer dans le vif du sujet, il faut comprendre ce que c’est qu’un variant. Les virus procèdent constamment à des mutations, afin de s’adapter aux hôtes qu’ils contaminent. Plus la propagation virale est importante, et plus la mutation du virus doit se faire pour garder une certaine efficacité. Pendant cette prolifération dans les cellules, la duplication peut entrainer des modifications de séquence génétique des virus.

C’est ainsi que naissent les variants, ou souches variantes. Il s’agit donc de souches virales qui ont connu de nombreuses mutations. Dans certains cas, ces mutations n’ont aucune conséquence significative. Dans d’autres, elles facilitent la pénétration du virus dans les cellules. La multiplication est donc accélérée, ce qui est un atout pour la contagion. La communauté scientifique continue toujours d’étudier les souches variantes du coronavirus.

En effet, elles sont capables d’impacter l’immunité développée par les patients déjà atteints du Covid-19. Les conséquences pourraient aussi s’observer sur l’efficacité des vaccins disponibles sur le marché. Quels sont alors, les différents variants du coronavirus connus à ce jour ?

Le variant indien ou Delta

C’est dans la région de Nagpur à l’automne 2020 que l’identification du lignage B.1.617 a pu être faite. En son sein, il est possible de retrouver trois variants spécifiques qui varient un peu quant aux mutations d’intérêt :

• 1.617.1 (Kappa, VOI) ;
• 1.617.2 (Delta, VOC) :
• 1.617.3.

Pour chacun de ces variants, il existe un risque spécifique comme l’a indiqué le Conseil scientifique. Voici ce qu’il faut savoir à ce sujet :

• 1.617.3 : ce sous-lignage a une association des mutations L452R et E484Q. Les premières indiquent un accroissement de la transmissibilité du virus, et les secondes, une responsabilité de l’échappement immunitaire partiel post-infectieux et post vaccinal. En Inde et en dehors, le B.1.617.3 a très peu été diffusé.
• 1.617.1: ce sous-lignage désigne le variant Kappa, fruit d’une association de deux mutations. Il a été décelé en France, et à certains endroits en Europe même si la fréquence est assez faible comparativement au Delta. Le variant Kappa a une importante différence antigénique comparativement à la souche Wuhan. Il existe un important risque d’échappement immunitaire, raison pour laquelle ce variant est classé VOI.
• 1.617.2: ce sous-lignage est le variant Delta, n’ayant pas la mutation E484Q. Le B.1.617.2 est fortement signalé en France, de même qu’en Europe. Par ailleurs, il a d’autres mutations particulières supplémentaires qui le rendent plus transmissible. L’OMS l’a classé VOC depuis la date du 12 mai 2021.

Concernant les nouveaux cas en France, le variant Delta est l’équivalent de plus de 20% d’entre eux. C’est pour cette raison qu’il est très préoccupant, et inquiète les autorités à cause de sa forte progression. Selon le bilan de circulation des variants de Santé publique France en date du 30 juin, le variant Delta a connu une forte évolution. Le séquençage dans le cadre des enquêtes Flash a validé qu’il est responsable de plus de 20,5% des cas d’infection.

À la date du 23 juin, il ne représentait que 9 voire 10% des nouveaux cas identifiés en France. La progression est donc non négligeable. La France n’est pas uniquement inquiétée par cette situation. Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies l’est aussi. Selon lui, le variant Delta pourrait être responsable de 90% des nouveaux cas de coronavirus d’ici la fin du mois d’aout. Il se peut aussi qu’il résiste plus aux vaccins actuellement disponibles contre le Covid-19.

Le variant britannique ou Alpha

C’est le 14 décembre 2020 que l’OMS a procédé au signalement d’un autre variant du coronavirus. Il s’agit du variant 20I/501Y.V1 ou variant Alpha, dont l’apparition a été notée en septembre 2020. Hautement contagieux avec une transmissibilité comprise entre 43 et 90%, il est également l’un des variants les plus mortels. Dans de nombreux cas, le variant Alpha induit aussi un fort risque d’hospitalisation dont le taux est situé entre 40 et 64%.

Un variant très mortel

En ce qui concerne sa mortalité, elle fait certainement partie des plus fortes. La Santé publique France a mentionné dans son bilan hebdomadaire du 29 avril qu’elle se situe entre 30 et 70%. Une telle souche renforce aisément les symptômes classiques du coronavirus que sont la toux, la fatigue, etc. C’est du moins ce qu’a fait savoir l’Office national des statistiques, dans une enquête rendue publique fin janvier 2021.

Le Bristish Medical Journal s’est également intéressé au sujet. Selon une publication faite en mars 2021 par cette étude, ce variant anglais est très mortel. Il l’est entre 30 et 100% plus que la souche classique du SARS-CoV-2. Les taux de mortalité chez les personnes atteintes par le variant Alpha et celles infectées par d’autres souches ont été déterminés. La période a été comprise entre novembre 2020 et janvier 2021. À ce moment, le Royaume-Uni subissait les affres du virus classique et de ce variant.

Avec cette analyse comparative, il a été mis en exergue la forte mortalité induite par le variant Alpha. Une fois qu’une personne est infectée, elle a 64% plus de chances de mourir. Ce variant anglais a donc considérablement augmenté le risque, avec un accroissement de décès de 2,5 à 4,1 sur 1000 cas identifiés. Il s’agit alors d’une menace dont il faut effectivement mesurer l’importance, surtout au vu de sa rapidité à se propager.

Le variant anglais contamine les chiens et chats

Le variant B.1.1.7 a été identifié pour la première fois au Texas, dans le comté de Brazos chez des animaux. Il s’agissait d’un chat et d’un chien provenant d’un unique foyer. Le test a été réalisé sur les deux animaux en février 2021, deux jours après l’infection de leur propriétaire. Ce dernier a par ailleurs développé la maladie. C’est dans le cadre d’un projet de recherche conduit aux États-Unis que cette découverte a eu lieu.

Lors des tests qui se sont révélés positifs, aucun des animaux n’avait les symptômes connus de la maladie. Le maitre a seulement confié que les deux animaux éternuaient de manière peu ordinaire. Cette découverte est une première mondiale, quant à la présence du variant Alpha du coronavirus chez un animal domestique. L’étude « Texas A&M » a ensuite été lancée dès juin 2020.

Elle a consisté à tester près de 500 animaux qui vivent dans les environs du comté de Brazos dans le Texas. Tous ces sujets se trouvent dans un ménage ayant présenté au moins un cas humain testé positif au Covid-19. Une soixantaine d’animaux ont donc été testés positifs, moins d’une quinzaine avaient des symptômes lors du diagnostic positif de leur maitre. Dans la majorité des cas, il était question :

• De toux ;
• De diarrhées ;
• D’un état légèrement léthargique.

Tous les animaux qui présentaient ces différents symptômes ont pu recouvrer la santé sans l’intention d’un vétérinaire. Cela a permis de mettre en évidence, la propagation de ce variant entre les humains et les animaux. Les personnes atteintes de coronavirus doivent alors se tenir à distance des animaux domestiques, de même que des autres animaux. Cette recommandation a été faite par les autorités de santé américaines.

En cas de test positif, les gestes barrières sont également valables concernant les interactions humain-animal. Le lavage des mains est impératif avant ou après tout contact avec son animal de compagnie. L’idéal serait également de mettre un masque, pour limiter les risques de contamination. La probabilité de transmission du Covid-19 vers l’homme par les animaux de compagnie est faible. C’est ce qui ressort des informations disponibles à cette date.

Le variant sud-africain ou Beta

C’est en décembre 2020, que le ministère de la Santé d’Afrique du Sud a fait savoir, l’apparition d’un variant local. Les jours qui ont suivi, de nombreux cas ont été enregistrés dans l’ensemble du pays. Bien que moins mortel que le SARS-COV-2, sa contagiosité est 1,5 fois plus élevée. C’est ce qu’ont fait savoir les experts sud-africains. La mutation a été nommée 501Y.V2, et possède une transmissibilité de plus de 50%. Cependant, rien n’a pu être démontré en ce qui concerne sa sévérité.

De plus, quelques études ont été faites et ont permis d’arriver à des conclusions assez étonnantes. En effet, ce variant réduirait l’efficacité des vaccins. Cela est rendu possible par la mutation E484K. Cette dernière impacte directement la protéine Spike. Les anticorps ont bien du mal à identifier cette nouvelle version du virus. Les symptômes qui lui sont liés sont identiques à ceux du virus initial du coronavirus.

Les personnes atteintes par le variant Beta développent une meilleure immunité, contre les autres mutations du virus. Cette découverte est réalisée par une étude préliminaire conduite par la même équipe scientifique sud-africaine qui a identifié le variant sud-africain.

Le variant péruvien ou Lambda

C’est au Pérou, pays avec plus de 192.000 morts que le variant Lambda a été identifié. Il s’est ensuite propagé dans les pays voisins comme l’Argentine, le Chili, la Colombie, etc. Jusque-là, cette mutation est nommée C.37 et était présente dans plus de 97% des séquences génomiques en provenance du Pérou. Sa principale caractéristique est la nouvelle délétion (Δ247-253) qui se trouve dans le domaine NTD.

Le gène qui code la protéine spike contient aussi six mutations. Localisées dans le domaine RBD, deux d’entre elles sont :

• L452Q ;
• F490S.

La mutation L452Q est presque exclusive à ce variant Lambda. Elle est combinée à une affinité plus majoritaire concernant le récepteur cellulaire ACE2. Une étude américaine disponible sur la plateforme bioRxiv le 3 juillet s’est penchée sur le sujet. Elle indique que comparativement à la souche de référence D614G, le plasma détruit 3,3 fois moins ce variant. C’est le constat fait chez les personnes convalescentes atteintes du coronavirus.

Une fois que le vaccin Pfizer est administré, les anticorps produits voient leur capacité neutralisante diminuée de 3 fois. Avec le vaccin Moderna, elle est seulement de 2,3 fois inférieure. Ce variant Lambda résiste partiellement aux vaccins à cause des mutations L452Q et F490S. Des travaux ont été conduits par une équipe chilienne, qui est parvenue à des résultats identiques consultables sur bioRxiv.

Ils expliquent que les mutations contenues dans la protéine spike du variant péruvien, peuvent échapper aux anticorps neutralisants. Ces derniers sont produits suite à une vaccination avec le vaccin inactivé chinois CoronaVac. Au vu de tout cela, l’OMS a déclaré dès le 15 juin un intérêt pour le variant Lambda. Cette catégorisation peut connaitre une évolution, surtout que cette mutation se propage énormément en Amérique du Sud et ailleurs.

Le variant brésilien ou Gamma

Apparu depuis décembre 2020 au Brésil, ce n’est qu’en février 2021 que ce variant Gamma a été identifié en France. Le 20J/501Y.V3 possède la mutation E484K comme c’est le cas du variant sud-africain. De ce fait, il est capable d’échapper en partie aux réponses immunitaires de l’organisme. Des études ont également mis en évidence une forte transmissibilité comparativement aux souches différentes des variantes. Elle est de l’ordre de 40 à 120%.

Le variant Gamma peut être hors du champ de réponse immunitaire, causée par un premier contact incluant des souches d’origine. De ce fait, la probabilité de réinfection est plus élevée. Cette précision a été apportée par la Santé publique France. Pour l’heure, rien n’est encore confirmé quant aux effets de la vaccination sur ce variant. Les données disponibles renseignent sur la présence de deux mutations sur la protéine Spike.

Ce sont les :

• E484K ;
• N501Y.

Grâce à la première, le virus peut se soustraire aux anticorps pendant une réinfection ou suite à une vaccination.

Un variant québécois

Le Québec n’échappe pas à cette prolifération de variants du coronavirus. Il se pourrait donc que des variants fassent leur apparition d’ici là. Pour ne pas être pris au dépourvu, le Laboratoire de santé publique au Québec (LSPQ) procède à des séquençages d’échantillons. Ces derniers sont choisis de manière aléatoire, parmi les cas de coronavirus déclarés positifs. Cette stratégie permet d’exercer une surveillance sur tous les flux.

Rien n’est donc laissé au hasard, en ce qui concerne l’augmentation extraordinaire de variants particuliers. Cela s’applique aussi à tous les variants, dont les mutations concernent la protéine S. cette dernière s’associe aux récepteurs des cellules, afin de rendre plus efficace l’infection. C’est aussi le cas de la protéine N, localisée autour de l’ARN du virus. Pour le laboratoire, il s’agit donc d’une véritable surveillance de tous les variants dont le comportement est suspect.

Plusieurs variants québécois sont de ce fait sur la liste d’observation du LSPQ. L’un d’entre eux est d’ailleurs suspecté du côté de l’Australie.

Le variant breton

En Bretagne, la Direction générale de la santé (DGS) est parvenue à l’identification d’une nouvelle mutation du coronavirus. Il s’agit du variant B.1.616 ou 20C/655Y. C’est au début du mois de mars qu’il a pu être décelé dans un cluster, dans le centre hospitalier de Lannion. La direction du centre hospitalier a fait savoir en mai 2021, l’extinction du foyer épidermique. Quoi qu’il en soit, il convient quand même de rester prudent.

Les personnes infectées par ce variant breton ont généralement, des symptômes qui laissent envisager le Covid-19. Seulement, la RT-PCR est négative en ce qui concerne les prélèvements naso-pharyngés classiques. Ce sont les techniques de PCR qui permettent de le détecter, surtout dans les voies aériennes basses. Compte tenu de nombreux clusters qui ont eu lieu en milieu hospitalier, la vigilance est de mise face à ce VOI. C’est ce qu’ont recommandé les autorités sanitaires bretonnes.

Pour le moment, les vaccins parviennent à neutraliser le variant breton. Cette information a été communiquée par le Centre national de référence des virus des infections respiratoires.

D’autres variants inconnus

Tous les variants probablement existants ne sont pas encore répertoriés à ce jour. Certains sont sous la surveillance de la communauté scientifique internationale pour des raisons particulières. Il s’agit surtout des propriétés de leurs gènes, mais ces variants ne circulent pas suffisamment. Ce n’est qu’au cours des semaines et mois prochains, qu’il sera possible de les classer parmi les variants les plus inquiétants.

La classification de tous ces variants se fait en considérant les familles ou lignées. Tout est fonction des mutations acquises, ce qui leur permet de se faire une place dans l’arbre généalogique du coronavirus d’origine. Au cours de ces derniers mois, cette liste a connu de nombreuses entrées. Pour illustrer, la lignée nommée B.1.525 a été identifiée :

• En Écosse ;
• En France ;
• Au Nigeria ;
• En Australie.

Plusieurs autres variants ont été identifiés en Californie, Finlande et autres.

Contamination par un variant : que faire ?

Il existe une véritable stratégie pour lutter contre la propagation des variants. N’importe quel test positif doit être suivi d’une RT-PCR de criblage en seconde intention. C’est ainsi qu’il est possible de déceler s’il est question d’un variant. Les laboratoires ayant faits les tests de criblage ont droit à un délai de moins de 36 heures. Ils doivent faire suivre les résultats à ceux ayant fait le premier test.

Les mesures de protection contre ces variants doivent scrupuleusement être respectées. Dans certains pays, les voyageurs qui arrivent sont isolés obligatoirement pendant 10 jours. Cette procédure est indépendante du résultat de leur test de dépistage obligatoire. Ensuite, il est recommandé d’aérer suffisamment les espaces intérieurs. En cas d’impossibilité, le port du masque est fortement préconisé en plus de la distanciation sociale.