Covid variant Delta : Ce que l’on sait de lui

Détecté en Inde dans la région de Nagpur courant octobre 2020, le variant Delta est l’une des mutations les plus contagieuses et transmissibles du Sars-CoV-2. Il est classé VOC (variant préoccupant) en raison de son échappement immunitaire potentiel soutenu par son fort taux de circulation. Selon l’OMS, il touche actuellement plus de 104 pays à travers le monde, défiant ainsi les différentes stratégies vaccinales mises au point jusqu’ici.

En France où il est majoritairement présent avec plus de 60 % des nouveaux cas, le variant indien pourrait être à la base d’une forte reprise de l’épidémie. En effet, les dernières modélisations de son impact par l’Institut Pasteur prédisent jusqu’à 35 000 cas quotidiens de contaminations au variant Delta dès le 1^er août.

Les experts du Centre européen des préventions et de contrôle des maladies (ECDC) anticipent ce rebond épidémique dans l’UE à 90 % des nouveaux cas de Covid-19. Ces statistiques particulièrement alarmantes ont conduit le président Macron à s’inquiéter d’une hausse des hospitalisations si rien n’est fait dans l’urgence. Que retenir de ce variant ? État des lieux.

Qu’est-ce que le variant Delta concrètement ?

Le virus du Sars-CoV-2 n’échappe pas au principe de l’évolution que connaissent les êtres vivants. Il mute en permanence pour rester virale et s’adapter aux cellules hôtes qu’il contamine. Lors de sa multiplication, certaines modifications s’incrustent dans les séquences génétiques recopiées.

C’est notamment de ces faits que découlent les différentes mutations observées chez la souche historique et connues sous les appellations de variant Alpha, Bêta, Gamma, Delta et Kappa. Chacun d’entre eux se distingue généralement des autres par :

• le degré de contagiosité traduisant sa transmissibilité,
• la virulence évaluée par la sévérité de ses symptômes,
• l’échappement immunitaire potentiel,
• et la résistance aux traitements disponibles.

Considéré comme un mutant multiple, le Covid variant Delta était à l’origine de la vague meurtrière observée en Inde en début d’année. Il est classé variant préoccupant (VOC) par l’OMS depuis le 12 mai 2021 et dans le sous-lignage B.1.617.2.

Selon toute vraisemblance, une rencontre entre la mutation L452R et d’autres mutations additionnelles serait à l’origine de cette évolution du virus. Anurag Agrawal, le directeur de l’institut de génomique et de biologie intégrative de New Delhi renseigne que ce variant est le résultat de 15 mutations spécifiques. Les plus connues sont notamment les mutations L452R, E484Q et P681R.

La présence de ces mutations dans le variant Delta favorise l’accrochage du virus aux cellules humaines et lui confère une transmissibilité accrue. De récentes études soutiennent que L452R entraîne une possible résistance aux anticorps et une diminution de l’efficacité vaccinale contre le variant en question.

D’autres études de mutagenèse mentionnent la possibilité que des mutations en position 484 soient favorables à l’échappement à la réponse immunitaire. Ces particularités expliquent notamment toute la complexité de ce mutant et la difficulté à contrôler son expansion. Contrairement à ses proches cousins du lignage B.1.617 (à savoir le Kappa et le B.1.617.3), sa proportion dans la population devient particulièrement importante.

Covid variant Delta : des symptômes pouvant favoriser une réelle dispersion

Généralement, ce sont les symptômes qui constituent des signes avant-coureurs du potentiel développement de la maladie. Dès que ceux-ci sont présents, le sujet est appelé à s’isoler afin de protéger ses proches. Ainsi se tromper sur les symptômes du Covid variant Delta pourrait en effet être dévastateur.

Chez les personnes vulnérables dont les tranches d’âge sont ciblées par la vaccination, la contamination au variant Delta entraîne les symptômes typiques du Sars-CoV-2. En dépit du degré de contagiosité, l’on pourrait observer des maux de tête, des maux de gorge, des congestions nasales et des douleurs musculaires.

Dans certains cas (comme aux USA notamment), les sujets présentent des irruptions diarrhéiques. Le directeur Anurag Agarwal avertissait qu’une toux et des éternuements persistants pourraient suivre la contamination. Favorisés par le climat chaud et sec d’été, ils entraînent des saignements du nez ou de la gorge. Une perte de l’odorat est aussi remarquée à la suite à certaines contaminations.

Il faut toutefois noter que les symptômes du variant Delta pourraient parfois ressembler à un mauvais rhume. C’est notamment ce qu’affirmait Tim Spector, professeur d’épidémiologie génétique au King’s College de Londres. Ce diagnostic, posé essentiellement dans la population des plus jeunes, échappe facilement à l’attention.

La conséquence est sans appel. Imaginant être atteints d’un rhume saisonnier, ces jeunes participent inconsciemment à des fêtes, transmettant ainsi le virus autour d’eux.

Covid variant Delta : une propagation inquiétante

La contamination au variant Delta connaît une ascension fulgurante aussi bien sur le territoire français qu’à l’échelle mondiale. Le dernier point épidémiologique de Santé Publique France du 16 juillet 2021 rapporte que le Delta demeure majoritaire en territoire métropolitain avec une nette progression.

Quelle part pour le Delta en France ?

Cette augmentation, très significative en semaine 27, est prioritairement associée à la forte détection de la mutation L452R lors des tests criblés. En effet, ce mutant principalement porté par le variant Delta est signalé dans 63 % des prélèvements positifs suite au criblage de ceux-ci. Notons qu’en S26, il n’était présent qu’à 43 %.

Dans les données collectées pour les tests effectués sur la semaine du 6 au 12 juillet, 11 256 résultats se sont révélés positifs pour la mutation L452R. Ainsi, 67,5 % des tests PCR criblés ont révélé le variant Delta. Le taux d’incidence est quant à lui estimé à 40 contre 25 pour la S26, soit une hausse de près de 62 %.

Cette prépondérance du variant est également soutenue par les données de séquençage de l’enquête Flash #13 du 29 juin. Dans celles-ci, il représentait 55 % des séquences interprétables contre 35 % pour le Flash #12 du 22 juin. Selon de récentes analyses, le variant Delta du Covid-19 serait potentiellement favorisé par un avantage de transmission 70 % plus élevé que chez ses pairs.

Quelle évolution à l’international ?

L’expansion du variant Delta ne se limite pas qu’en France. Une recrudescence des nouveaux cas majoritairement testés positifs au Delta est notamment constatée dans 104 pays du monde. La situation épidémique liée au Sars-CoV-2 en Europe inquiète particulièrement les états. En effet, les prévisions de l’ECDC prévoient que le B.1.617.2 pourrait représenter 90 % des tests positifs criblés dans l’UE d’ici fin août.

Actuellement, le pays européen le plus touché par ce mutant est le Royaume-Uni où 97,5 % des cas répertoriés outre-Manche (soit 125 153 cas) ont été provoqués par le Delta. Il a ainsi presque totalement remplacé son historique prédécesseur avec un taux d’incidence actuellement en hausse de 215 sur 100 000 habitants par semaine.

Sur ces faits, le Premier ministre anglais a dû décaler le déconfinement de 4 semaines. En effet, le pays était dès lors confronté à une augmentation de 50 % des admissions en hôpitaux sur une semaine avec les contaminations qui ont littéralement doublé.

De même, une analyse des données compilées par les scientifiques du GISAID révèle la prédominance du variant Delta au Portugal et en Russie. On y dénombre respectivement 90,4 % et 73,7 % de tests positifs criblés. Déjà en fin juin, 20 000 cas de L452R portés par le Delta étaient détectés en Russie. Cette situation a contraint les autorités sanitaires à renforcer les mesures restrictives pour les villes où l’alerte est maximale.

Notons aussi que l’Espagne, l’Autriche, la Suède et plusieurs autres sont des zones de l’UE où Delta sévit avec une forte progression. L’USA et l’Inde quant à eux comptent respectivement 12 020 et 12 015 cas de variant Delta, ce qui fait du variant un problème majeur à l’échelle internationale.

Que faut-il craindre ?

Avec ces statistiques, l’on peut craindre une forte hausse de l’épidémie avec un nombre de nouvelles contaminations en phase de doubler hebdomadairement. Selon de récentes modélisations de l’Institut Pasteur (IP), 3,5 à 10,4 jours suffiront pour atteindre ce seuil critique. Ceci relève du nombre de reproductions effectif du mutant B.1.617.2 qui s’est accru, passant de 1,11 en S26 à 1,50 en S27.

En conséquence, l’un des pires scénarii anticipés par l’IP serait d’atteindre entre 35 000 et 40 000 cas de contaminations quotidiennes au Delta. Courant août/septembre, il est possible qu’on assiste à une croissance assez importante des hospitalisations, avec un pic aussi historique que celui de la première offensive du virus en France attendu en septembre.

Bien qu’alarmantes, ces conjectures sur l’évolution du Covid variant Delta pourraient souffrir de quelques imprécisions. Ceci est notamment dû à l’élaboration des modèles sur des échelles de données relativement courtes. Toutefois, ces modélisations corroborent les inquiétudes du ministre Olivier Véran sur l’augmentation de la pression sanitaire, des cas graves et des hospitalisations.

Covid variant Delta : un mutant aux caractéristiques spécifiques

Plusieurs caractéristiques inquiétantes définissent le variant Delta.

Une transmissibilité préoccupante

A la base, la présence de la mutation L452R chez Delta augmente sa transmissibilité et le rend de facto très contagieux. Les rassemblements d’été semblent favoriser sa dispersion.

Par rapport aux autres souches, il est prouvé que ce sous-lignage du variant indien B.1.617 possède un certain avantage compétitif. Il est en effet jugé 60 % plus transmissible que le variant Alpha, responsable de la première vague européenne. Ce dernier possédait déjà un degré de contagiosité plus avéré que celui de la souche dominante précédente.

Une analyse scientifique réalisée sur 38 000 séquences du virus présente le risque d’hospitalisation du Delta serait à 2,6 plus chronique que celui du variant britannique

Sur le sujet, Andrea Ammon de l’agence européenne des maladies a récemment averti sur sa très forte et probable circulation pendant l’été. Selon ses dires, la hausse des contaminations pourrait particulièrement s’accentuer chez les jeunes qui, non ciblés par la vaccination, fréquentent néanmoins majoritairement les lieux de rassemblement.

Une mutation vers un Delta plus

Une autre caractéristique préoccupante du variant Delta serait sa capacité à intégrer d’autres mutations dans son génome. Selon une annonce publiée par le ministre indien de la santé, une nouvelle mutation conduisant à un nouveau variant l’a obligé à placer 3 Etats en alerte. Il a été révélé chez 22 personnes et baptisé « Delta plus » de façon non officielle.

Selon le Consortium génomique indien sur le Sars-CoV-2, ce variant serait plus transmissible et possèderait une liaison aux récepteurs pulmonaires plus solides. Il se peut qu’avec ce variant, une possible diminution de la réponse de défense des anticorps monoclonaux soit aussi observée.

A la date du 6 juillet, 261 cas de cette mutation lié au Covid variant Delta ont été recensés dans 15 pays à travers le monde. Ce stade de développement minime du Delta plus conforte les scientifiques dans la position que le niveau de dangerosité avancé serait trop précoce.

Covid variant Delta : quel niveau d’efficacité pour les vaccins ?

La plus grande inquiétude au sujet du variant Delta demeure sa résistance potentielle aux différents vaccins disponibles sur le marché. En effet, lors de la mise des vaccins sur le marché, le Delta ne circulait pas encore, et donc aucun essai clinique n’a été réalisé. Toutefois, les résultats empiriques permettent de soutenir que la vaccination serait un facteur limitant la progression du B.1.617.2.

Pour preuve, une communication de la Drees en date du 15 juillet estimait que 80 % des cas testés positifs au variant n’avaient reçu aucune dose vaccinale. Selon l’analyse, seulement 4 % des personnes complétement vaccinées ont été testés positif.

Pour être rassuré de l’efficacité des vaccins face à la recrudescence du variant Delta, plusieurs études se sont penchées sur la question. Un avis très riche du conseil scientifique portant sur l’efficacité vaccinale a été publié récemment. Celui-ci rapporte une capacité neutralisante des vaccins AstraZeneca et Pfizer contre le VOC Delta.

Les résultats des tests en laboratoire rejoignent le niveau d’efficacité vaccinale observée en vie réelle pour les formes symptomatiques du COVID-19. Toutefois, une efficacité moindre et une perte de protection de 10 % du risque d’infection sont observées pour AstraZeneca comparativement à celles des vaccins à ARNm. Par ailleurs, les meilleures formes d’efficacité des vaccins sont celles développées contre les formes grave admis en hospitalisation.

Bien que les anticorps obtenus après une vaccination complète protègent, leur efficacité demeure toutefois mitigée face au variant Delta. Aussi, il est admis qu’une protection effective est opposée au Delta par les anticorps développés suite à une infection au variant Alpha ou toutes autres formes du virus ayant circulé avant janvier 2021.

Du côté des vaccins à ARNm, on note une conservation globale de l’efficacité contre le B.1.617.2. Selon un avis publié par la Haute Autorité de la Santé (HAS), les vaccins Pfizer-BioNTech et Moderna seraient très efficaces contre le Delta.

Des recommandations de la HAS, il ressort que l’utilisation des vaccins à ARNm est à privilégier avec un intervalle de 3 à 4 semaines pour les 2 doses. Pour les personnes de plus de 55 ans ayant déjà reçu une première dose de Vaxzevria, recourir à un vaccin à ARNm pour la seconde dose permettra d’obtenir une très bonne qualité de la réponse immunitaire.