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Variant Gamma : Origine, Contagiosité et Vaccins

Le variant Gamma est une souche de mutation du SARS-CoV-2, qui a été identifiée dans le nord-ouest du Brésil en décembre 2020. Etant resté minoritaire en France, d’après Santé Publique France, ce variant est sous la surveillance des autorités sanitaires, puisqu’il est classé comme variant préoccupant. Que retenir concrètement de l’origine du variant Gamma ? Quel est son taux de contagiosité ? Les vaccins sont-ils efficaces contre le variant Gamma ?

Qu’est-ce que le variant Gamma ?

Le variant Gamma est une mutation du SARS-CoV-2, qui a été détectée pour la toute première fois en décembre 2020, chez un touriste japonais qui rentrait du Brésil. En moins d’un mois, il s’est répandu rapidement au Brésil et est présent actuellement dans plus de cinquante pays à travers le monde, y compris la France.

Les recherches effectuées au Brésil, dans la ville de Manaus, ont rapporté que le variant Gamma est environ deux fois plus transmissible que les autres variants de Sars-CoV-2. Connu auparavant sous le nom variant brésilien, le variant Gamma est désigné par le libellé : 20J/501Y.V3 et aussi BR-P1 et P2. Le nom variant brésilien est renommé en variant Gamma, par l’Organisation Mondiale de la Santé, le 31 mai 2021.

Variant Gamma en France

Le variant Gamma est minoritaire en France (1,1% des tests effectués en juin 2021 d’après Santé Publique France). Le 4 décembre 2020, quatre premiers cas de contamination au variant Gamma ont été annoncés sur le territoire français, lors d’une conférence de presse tenue par Olivier Véran, ministre de la Santé. L’une des personnes infectées était une femme enceinte qui rentrait de Manaus au Brésil, ayant pris par Sao Paulo, Paris, Marseille et Francfort. Les autres cas ont été détectés dans la Réunion, le Haut-Rhin et le Var.

Que signifie variant Gamma P1 et P2 ?

Le variant Gamma du Covid-19 existe sous deux formes, nommées P1 et P2. C’est le variant P1 qui se propage sur le territoire français et c’est justement, celui-ci que les autorités sanitaires ont classé comme préoccupant, dans la même catégorie que le variant Alpha et le variant Omicron. D’après un avis publié le 16 avril 2021, le Conseil scientifique notifiait que ces trois virus énumérés sont ceux qui présentent des mutations sur le génome viral, principalement sur la protéine Spyke (ou S), qui constitue la principale cible de la défense immunitaire.

En effet, il y a une différence le variant Gamma P1 et P2.

  • Variant Gamma P1 : détecté chez un touriste japonais la première fois, le variant Gamma P1 a engendré une large propagation épidémique à Manaus au Brésil. Il est devenu très rapidement majoritaire au Brésil, avec plus de 60% des nouveaux cas de Covid-19. ;
  • Variant Gamma P2 : il a été détecté à Rio de Janeiro par les chercheurs brésiliens, dans le mois d’octobre 2020.

Les mutations du variant Gamma : que retenir ?

Le variant Gamma P1 affiche deux mutations : il s’agit de la mutation E484K (une mutation qui est recherchée lors du dépistage du Covid-19) et de la mutation N501Y, au niveau de la protéine Spyke. La première mutation favorise l’échappement du virus aux anticorps suite à une vaccination ou une réinfection. La seconde mutation augmente le taux de transmission du virus, à plus de 30 à 60%.

En ce qui concerne le variant Gamma P2, les données sont très parcellaires.

D’après le Pr Vincent Maréchal, une mutation qui ne touche pas la protéine Spyke n’est pas plus dangereuse que celle qui touche la Spyke. Intégré dans tous les vaccins, ce dernier est une protéine reliant la particule virale à la cellule et joue un rôle d’interface avec le récepteur. C’est-à-dire que les anticorps s’accrochent au Skype, afin d’empêcher l’infection des cellules ou de séroneutraliser toute interaction entre la cellule et le virus.

Plusieurs autres virus présentent des mutations dans cette même protéine et ont été identifiés en France et dans d’autres pays. Mais, aucun d’entre eux n’a la capacité de propagation rapportée au niveau des variants Alpha et Omicron.

Le variant Gamma : plus contagieux et dangereux ?

Étant donné que le variant Gamma se traduit par une mutation au niveau de la position 501 (N501Y) sur la protéine Spyke, le taux de contagion, comparativement au virus originel (souche du SARS-CoV-2), varie entre 40 et 120%.

Cependant, la dangerosité est un peu difficile à déterminer, d’après le conseil scientifique du Covid-19. Pour l’instant, le taux de létalité n’est pas encore estimé. Mais les premières estimations révèlent que le taux de mortalité lié au variant Gamma est d’environ 80%, plus élevé que celui observé au niveau du virus originel.

Les vaccins sont-ils efficaces contre le variant Gamma ?

Puisque la mutation intervenant en position 484 (E484K) engendre un échappement immunitaire considérable, le variant Gamma peut bel et bien échapper aux effets des vaccins. Toutefois, une communication scientifique publiée dans New England Journal of Medecine indique que le vaccin Pfizer/BioNTech peut avoir une action neutralisante.

Le Conseil scientifique du Covid a notifié que les vaccins ARNm possèdent une efficacité conservée, mais cette efficacité diminue face au variant Gamma. Santé Publique France annonce dans une étude de risque le 21 avril 2021 que les récentes données suggèrent un effet différent, en ce qui concerne l’échappement immunitaire (après infection et après vaccination) entre le variant Gamma et le variant Omicron, qui portent la mutation E484K. Par conséquent, les vaccins ont moins d’effets sur le variant Gamma.

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