Plusieurs variants du SARS-CoV-2 se propagent en France, avec de nouveaux variants porteurs de mutations, de plus en plus enregistrés. Parmi ces nombreux variants, on retrouve le variant Omicron, qui a été identifié en Afrique du Sud par L’OMS, le 24 novembre 2021. Affectant de plus en plus de personnes, le variant Omicron est très contagieux pour être arrêté, d’après la déclaration de presse du ministre de la Santé, le 2 janvier 2022.

Cependant, il apparait comme moins dangereux, comparativement au variant Delta, d’après de nombreuses récentes études scientifiques. Comment se manifeste le variant omicron ? Quels sont la contagion et le nombre de cas d’Omicron en France ?  Quel est le taux d’efficacité des vaccins contre ce variant ? Quelles sont les dispositions à prendre, en matière de protection ? Ce billet vous dévoile tout sur le variant Omicron.

Le variant Omicron : qu’est-ce que c’est ?

Appartenant à la lignée Pango B.1.1.529, la variante Omicron a été déclarée pour la toute première fois en Afrique du Sud, par l’OMS (Organisation Mondiale de la Santé). D’après les explications du Dr Maria Van Kerkhove de l’OMS le 25 Novembre 2021, il s’agit d’un variant susceptible d’avoir de multiples mutations, ce qui peut avoir un effet sur la manifestation du virus.

Suivant un avis du conseil scientifique français le 17 Décembre, la majorité des mutations sont localisées au niveau de la protéine de Spicule (environ 30%). Certaines mutations sont localisées au niveau du gène NSP6 et du gène de la protéine N. Toutes ces mutations peuvent avoir un effet sur la propagation du virus. On dénombre actuellement deux sous lignages ((BA.1 (majoritaire) et BA.2 (minoritaire)) du variant Omicron. Mais, ils ne présentent pas de différence en ce qui concerne l’impact, la transmission et l’échappement immunitaire.

Le 26 Novembre 2021, le variant Omicron a été classé par l’OMS comme un virus préoccupant. D’après ce classement, il existe trois types de variants : le variant préoccupant (VOC), comme les variants Omicron, Beta, Alpha et Delta, le variant à suivre (VOI), comme le variant Lambda et le variant Mu et le variant sous surveillance (VUM).

Étant un variant préoccupant, Omicron se traduit par :

• L’augmentation de taux de transmission ou le changement préjudiciable, en ce qui concerne l’épidémiologie de la Covid-19 ou ;
• La réduction de l’efficacité des dispositions de santé sociale et publique ou des vaccins, diagnostics, thérapies disponibles ou ;
• La modification de la manifestation clinique de la pathologie ou l’augmentation de la virulence.

Quelle est la signification d’Omicron ?

Tout comme Delta, alpha, Gamma, Beta et autres, Omicron est le libellé d’une lettre de l’alphabet grec, plus précisément la quinzième suivant le système de nomenclature. D’après l’OMS, ce système qualifié de non stigmatisant, avec un accès facile au public littéraire, a été mis en place, pour donner un nom aux lignées génétiques du Sars-CoV-2. L’alphabet grec est constitué de 24 lettres. Les treizième et quatorzième ne sont pas encore attribués à un variant, pour des raisons non indiquées par l’OMS.

Quels sont la contagion et le nombre de cas d’Omicron en France ?

D’après des récentes données, l’OMS indique que la variante Omicron se propage plus, comparativement à la variante Delta. Elle précise encore que la propagation est rapide également, dans les pays dont les populations possèdent un niveau élevé d’immunité. Si le taux de contagion est une échelle marquée de 1 à 10, on donnera 1 au premier virus (c’est-à-dire le virus originel), 3 au variant Delta et 10 au variant Omicron. On en déduit donc que, la contagiosité du variant Omicron est relativement supérieure aux autres souches du virus.

En effet, le variant Omicron est l’objet de surveillance renforcée. Pendant sa prise de parole le 17 Décembre 2021, Jean Castex estime que le variant Omicron se propage à une allure fulgurante. Le 23 Décembre, le nombre de cas détectés du VOC Omicron en France s’élève à 1440 cas. Gabriel Attal, porte-parole du gouvernement notifie d’ailleurs que ce nombre représente environ 20% des personnes affectées et que cette contamination est plus observée sur l’Île-de-France, principalement à Paris.

La Santé publique France a commencé à recenser depuis mi-novembre, le nombre de personnes touchées par le covid-19, accompagné du variant Omicron, ceci dans un tableau de bord du virus. Le dernier point hebdomadaire relatif à l’épidémie, publié le 30 Décembre 2021, indique que le variant d’Omicron est déjà largement développé en France, depuis la semaine 52. Environ 64,4% des examens criblés affichaient un profil qui est compatible avec le variant Omicron.

Quelle est la sévérité du variant Omicron ?

Un autre aspect qui détermine le variant Omicron est qu’il est probablement moins dangereux. Les hospitalisations avec le variant Omicron ne sont pas courantes et les formes graves sont très rares. Cela a été d’ailleurs confirmé par les statistiques anglaises publiées, le vendredi 31 Décembre 2021. D’après les explications d’Olivier Véran au JDD de ce dimanche 02 janvier 2022, il y a 30% moins de formes sévères de l’épidémie avec Omicron qu’avec Delta.

L’agence de sécurité sanitaire britannique explique que le risque d’hospitalisation est moins bas en cas d’Omicron, que ce soit pour des infections symptomatiques ou asymptomatiques, après 2 ou 3 doses de vaccin. Elle affirme aussi que le risque d’hospitalisation après la troisième dose est réduit de 81%, chez les personnes affectées par la variante Omicron et vaccinées, comparativement aux personnes affectées, mais non vaccinées.

Le vaccin augmente-t-il l’immunité contre le variant Omicron ?

En raison de nombreuses mutations observées sur la protéine spike du virus Covid-19, l’immunité est facilement contournée avec un nouveau variant. D’après les explications de Arnaud Fontanet sur BFM-TV, le variant Omicron contourne facilement la protection vaccinale ou la protection acquise par une infection au Sars-CoV-2. Toutefois, l’effet du vaccin, que ce soit Pfizer ou autres, sur les formes graves de l’affection ne serait que peu évoqué.

Selon le spécialiste, après une dose de rappel, l’immunité contre les formes graves, dépendant d’une autre composante de la protection, peu altérée par les mutations de l’épidémie, est bien conservée.

Quel est le degré d’immunité conféré par la dose de rappel ?

La troisième dose de vaccin Covid-19 permet de réduire le risque d’infection, à hauteur de 75%. Il n’y a pas encore de données précises en termes de protection contre tous risques de formes sévères, mais il peut être estimé à 90%.

Variant Omicron : quels sont les symptômes ?

Le variant Omicron provoque des symptômes apparentés à ceux des formes légères d’un rhume ou d’une grippe. Après son apparition, de multiples caractéristiques similaires à ceux des variantes identifiées avant lui ont été observées. Il s’agit des douleurs musculaires, de la fatigue extrême, de la gorge qui gratte, et parfois des éruptions cutanées.

D’après les données des médecins exerçant dans les régions où le variant Omicron sévit, un des symptômes Omicron pouvant aussi apparaitre reste des sueurs nocturnes ou extrêmes.

Comment se déroule le dépistage du variant Omicron ?

Le test PCR qui s’effectue actuellement pour dépister le SARS-CoV-2 peut détecter également le variant Omicron. Toutefois, la technique de criblage a été ajustée en France, afin de détecter tout cas suspect d’Omicron. D’après la Santé publique France, le variant Omicron (B.1.1.529) n’affiche pas les trois mutations suivies par le criblage (L454, E484Q et E484K). Autrement dit, une absence de ces trois mutations, codées AoBoCo dans SI-DEP, est susceptible d’indiquer la présence du variant Omicron.

Plus encore, le variant Omicron comprend les mutations K417N, N501Y et délétion 69/70 sur la protéine Spike. Certains laboratoires peuvent faire une opération d’identification de tri des personnes qui présentent ces mutations.

Autre nouveau code (D) a été incorporé dans SI-DEP pour collecter les résultats des criblages complémentaires, qui ciblent la délétion 69/70, la mutation K417N ou la mutation N501Y. Dans un contexte où les deux techniques de criblage conduisent à une suspicion des infections relatives au variant Omicron, un résultat de séquençage est indispensable, pour confirmer la présence du variant. Cette confirmation est nécessaire, puisque les profils AoBoCo et D1 peuvent être présents au niveau d’autres variantes.

Quelles sont dispositions de protection à prendre ?

Les dispositions à prendre par rapport au nouveau variant Omicron sont semblables à celles du Sars-CoV-2 originel :

• Vaccination : l’Organisation mondiale de la santé recommande l’accélération de la couverture vaccinale contre le coronavirus, spécialement pour les individus considérés comme prioritaires, c’est à dire n’ayant pas encore été vaccinés ou complètement vaccinés ;
• Isolement et dépistage : opter plus pour les tests diagnostiques dès l’apparition des symptômes ou bien avant de participer à un évènement. Cela concerne aussi les personnes vaccinées. Les tests en question sont : autotests ou tests antigéniques à l’approche de l’évènement ;
• Gestes barrières : distanciation physique, masques, évitement des foules, ventilation de l’espace intérieur, hygiène régulière des mains, etc. ;
• Évitement voire interdiction des grands évènements pouvant occasionner des grandes agglomérations. En cas de maintien de ces genres d’évènements, le pass vaccinal ainsi que les dispositions barrières individuelles, comme le port du masque, doivent être associés.

Quel est le protocole pour les cas contacts ?

D’après l’annonce de Olivier Véran et Jean Castex le 27 Décembre 2021, les dispositions d’isolement pour personnes en contact avec les individus infectés par le variant Omicron doivent être allégées. Pour le moment, le protocole de traitement des cas contacts d’une personne touchée par le variant Omicron est différent des dispositions classiques.

Selon l’explication du gouvernement, un individu en contact d’un cas confirmé du nouveau variant Omicron doit suivre le même protocole que les individus non vaccinées. Si la personne ne peut pas effectuer le télétravail, elle peut demander des congés dans un délai de carence, afin de s’isoler.

Cependant, les tests suivants s’avèrent nécessaires.

Test antigénique en pharmacie

Un cas contact doit effectuer le test antigénique en pharmacie le plus tôt possible.

Lorsque le test est révélé négatif, cela peut signifier que vous êtes en phase d’incubation de l’épidémie. Vous devrez donc rester en isolement pendant sept jours, puis réaliser un test de contrôle. Si un symptôme ou une fièvre survenait avant la date du test de contrôle, il faudra vous faire tester dès que possible. Ensuite, vous devrez vous isoler, en attendant d’obtenir le résultat. En cas de troubles respiratoires, il faudra contacter le 15 ou un médecin.

Lorsque le test est révélé positif, cela suppose que vous êtes infecté par la Covid et que vous êtes contagieux. À cet effet, il faudra :

• Rester en isolement pendant dix jours au minimum, ceci dès la date du test ;
• Surveiller la survenance d’un symptôme et faire recours au 15 ou à un médecin, en cas de troubles respiratoires. 

Les membres du foyer de la personne contractée constituent des cas contacts et ils devront :

• S’isoler également, surtout s’ils n’ont pas été vaccinés complètement ; les enfants quant à eux, ne devront pas aller à l’école ;
• Effectuer un test antigénique Omicron le plus tôt possible ;
• Mettre fin à leurs isolements après dix jours, mais à condition qu’ils ne présentent pas une fièvre ni de troubles respiratoires depuis quarante-huit heures.

Test de contrôle

Dans le cadre où le premier test effectué est révélé négatif, vous devrez procéder à un test de contrôle (antigénique ou PCR, gratuit). Ceci doit être fait dans les délais suivants :

• Sept jours après votre dernier contact avec l’individu malade, afin de confirmer si vous êtes contaminé ou pas ;
• Sept jours après la guérison de l’individu affecté, ce qui fait environ dix-sept jours après l’apparition de ses symptômes ou dès qu’il a été révélé positif au variant Omicron. Ceci, lorsque vous êtes en contact du malade régulièrement (c’est le cas du partage de foyer) ;
• le plus tôt possible en cas de manifestation des signes évocateurs de l’épidémie.

Lorsque le test de contrôle est révélé négatif, il est possible de lever l’isolement (en cas d’écoulement du délai des sept jours).

Lorsque le test de contrôle Omicron est révélé positif, vous êtes donc êtes infecté par la Covid et vous êtes contagieux. Il faudra donc rester en isolement pendant au moins dix jours et surveiller la survenance des symptômes. Ensuite, il faudra suivre le même protocole suivi en cas de test antigénique positif.